一个旗如果有两个或更多的领主，以谁为旗主，这在当时也是有原则的，即以长幼为序，兄长为旗主。比如镶白旗两个领主是多尔衮和阿济格，因为阿济格是哥哥，因此以阿济格为旗主，后来阿济格犯罪被革除，才由多尔衮当旗主。
再如正蓝旗旗主是莽古尔泰，他死了以后，再由德格类继任旗主。镶红旗也是这样，由代善的嫡长子岳托任旗主。需要注意的是，任旗主的都是嫡出，庶出的是无法担任旗主的。
第三，八旗的领主和旗主是不一样的，
领主领本旗佐领下属人，形成主属关系，这种主属关系不是一般官僚机构中的上下级关系。主就是主子，属就是奴才，属人对领主具有人生隶属性。属人有两种，一种叫“阿哈”，是纯粹的家内奴隶，是包衣佐领下人。另一种叫“诸申”，入关以后称为“哈哴阿”，是旗分佐领下人，这两种人与领佐领的领主，都有主奴关系，只是在隶属的程度上不一样。
阿哈服役于主子的家内，国家没有权力役使他们。而诸申是旗分佐领下人，是隶属国家的，被分封以后又属于领主之下的属民，对领主有私属性，所以就兼具隶属于国家、领主这两种隶属关系。
领主分封制下的八旗，虽然集中于后金政权之下，另一方面，每一个旗又是一个相对独立的政治单位，旗下官员都有本旗人的担任，一般情况下不能把别的旗的人调入当官，同色旗下的不同固山之间倒是可以担任，如正白旗满洲固山可以在正白旗蒙古固山任固山额真（即后来的都统）。
所以，在入关前和入关初，一看到某个人任某旗的旗官，就可以判定出他的旗籍，明确了他的旗籍，又可以判断出他的主人是谁，与谁有主属关系。至于本旗人任本旗官的制度原则，直到康熙三十六年才改变，都统、副都统可以越旗担任了。
正因为每个旗都是相对独立的政治单位，清初政权又是由八旗联合共同组成，所以清初的国家大政，必须八旗领主联合决议，缺一不可。因为八旗有共同性事务，八旗共同组织的后金和清政权，有集中性的国家大事，必须联合议决。所以，当时的旗主、领主都具有当然的议政权，称为“入八分”。
在八旗组成的一个政权中，每一个旗占八分之一，在共同议政的时候，就应该入八分。当时任议政者，除了旗主、领主还有每个旗的最高行政长官——固山额真，每旗一人。崇德年间扩大任命一些议政大臣，也是各旗平分，仍是占八分之一。
八旗领主分封之下的“八分”政治体制还体现在财政方面。每个旗是一个经济实体，与明朝边民贸易，是以旗作为各自独立单位进行的。另外还有财物入八旗“八家均分”之说。如果打仗得到了战利品，如抢掠大量的金银财宝、牲畜和人口，战后八家均分，占据了大量土地之后，亦八家均分。
旗主、领主对本旗军队也具有某种私领性，因为本旗士兵就是领主的属人。其中八旗的精锐部队——巴牙喇（护军），是各领主私属性较强的军队，守护其本人的府第。这种制度也一直沿袭到雍正朝。
上面所说的基本就是八旗的政治体制以及领主分封制，当然入关以后，尤其是到了康熙朝进行了力度很大的改革，八旗旗主的权力日渐衰弱，中央集权不断增大，但有清一代，八旗制度仍然是国家的根本制度，直到清末依然如此。